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王朝和于阗等地方政权。840年漠北回鹘汗国覆灭高
昌与喀喇汗王朝后，由西迁西域的回鹘人汇同其他操突厥语诸族建立地方政权。于阗是古老的塞人居地。唐亡后，于阗尉迟王族执政，与中原地区往来密切，因曾受过唐朝册封而自称李姓。
黑汗王朝在10世纪和11世纪控制今日的新疆西部，同一时期回鹘的一支在新疆中部定居。辽国覆灭前夜，宗室耶律大石率部西迁，在占据西州回鹘和黑汗国旧地后，向西扩展到阿姆河流域，大石于1132年称帝，建立西辽政权。疆域包括天山南北，帕米尔高原以西至咸海以南的阿姆河西岸，巴尔喀什湖东北至蒙古西部。
元明时期
1206年，蒙古帝国建立，1271年改国号为元朝。蒙元时期西域大部分地区为成吉思汗次子察合台的封地即察合台汗国。另外元朝在今伊犁河流域曾设置阿里麻里行省，但不久就并入察合台汗国。又在阿姆河
新疆
南岸曾设立行省，后并入伊利汗国。今乌鲁木齐一带曾设置别失八里行省，后一度被察合台汗国占据，后期重新成为元朝的辖地。
明代在西域处于退缩状态，在今克什米尔东北和藏西设置俄力思军民元帅府；1406年，又设立哈密卫，任用当地世族首领为各级官吏统辖当地军政事宜，维持商贸通道安全，对西域地区实施羁縻控制。洪武三年察合台汗国灭亡后其后裔建别失八里，都城在别失八里，永乐十六年迁都亦力把里。15世纪中叶，吐鲁番部强大，1472年，哈密等卫所一度被吐鲁番攻破，诸卫内迁，后复，1514年再度被并，明朝最后退守嘉峪关。明朝中叶，东察合台汗国演变为叶尔羌汗国。
清朝时期
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新疆
17世纪，准噶尔叛乱，并攻打外蒙古。1697年，清军击败了准噶尔，控制了新疆东部。雍正皇帝时，贵州东南部新辟疆土亦称新疆。当时，西域新疆和云南、四川、贵州等地新纳入清王朝统治之下的地域，统称“新疆六厅”。载：“十二年，哈元生进新辟苗疆图志，以尹继善督云、贵，而复有黔苗之变。初，苗疆辟地二三千里，几当贵州全省之半，增营设汛，凡腹内郡县防兵大半移戍新疆。”1755年，清朝攻占固勒扎；1757年，清朝彻底平定了准噶尔叛乱。乾隆皇帝把这片土地命名为“新疆”，取因“故土新归”之意。1759年，清朝又平定天山以南因准噶尔部消失而趁机坐大的回部，即***教白山派首领大小和卓反叛，从此完全确立了清朝对新疆的稳固统治，回部之前在准噶尔暴力统治之下。而准噶尔部被灭族也直接导致新疆及中亚部分完全***化。1771年，土尔
王朝和于阗等地方政权。840年漠北回鹘汗国覆灭高
昌与喀喇汗王朝后，由西迁西域的回鹘人汇同其他操突厥语诸族建立地方政权。于阗是古老的塞人居地。唐亡后，于阗尉迟王族执政，与中原地区往来密切，因曾受过唐朝册封而自称李姓。
黑汗王朝在10世纪和11世纪控制今日的新疆西部，同一时期回鹘的一支在新疆中部定居。辽国覆灭前夜，宗室耶律大石率部西迁，在占据西州回鹘和黑汗国旧地后，向西扩展到阿姆河流域，大石于1132年称帝，建立西辽政权。疆域包括天山南北，帕米尔高原以西至咸海以南的阿姆河西岸，巴尔喀什湖东北至蒙古西部。
元明时期
1206年，蒙古帝国建立，1271年改国号为元朝。蒙元时期西域大部分地区为成吉思汗次子察合台的封地即察合台汗国。另外元朝在今伊犁河流域曾设置阿里麻里行省，但不久就并入察合台汗国。又在阿姆河
新疆
南岸曾设立行省，后并入伊利汗国。今乌鲁木齐一带曾设置别失八里行省，后一度被察合台汗国占据，后期重新成为元朝的辖地。
明代在西域处于退缩状态，在今克什米尔东北和藏西设置俄力思军民元帅府；1406年，又设立哈密卫，任用当地世族首领为各级官吏统辖当地军政事宜，维持商贸通道安全，对西域地区实施羁縻控制。洪武三年察合台汗国灭亡后其后裔建别失八里，都城在别失八里，永乐十六年迁都亦力把里。15世纪中叶，吐鲁番部强大，1472年，哈密等卫所一度被吐鲁番攻破，诸卫内迁，后复，1514年再度被并，明朝最后退守嘉峪关。明朝中叶，东察合台汗国演变为叶尔羌汗国。
清朝时期
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新疆
17世纪，准噶尔叛乱，并攻打外蒙古。1697年，清军击败了准噶尔，控制了新疆东部。雍正皇帝时，贵州东南部新辟疆土亦称新疆。当时，西域新疆和云南、四川、贵州等地新纳入清王朝统治之下的地域，统称“新疆六厅”。载：“十二年，哈元生进新辟苗疆图志，以尹继善督云、贵，而复有黔苗之变。初，苗疆辟地二三千里，几当贵州全省之半，增营设汛，凡腹内郡县防兵大半移戍新疆。”1755年，清朝攻占固勒扎；1757年，清朝彻底平定了准噶尔叛乱。乾隆皇帝把这片土地命名为“新疆”，取因“故土新归”之意。1759年，清朝又平定天山以南因准噶尔部消失而趁机坐大的回部，即***教白山派首领大小和卓反叛，从此完全确立了清朝对新疆的稳固统治，回部之前在准噶尔暴力统治之下。而准噶尔部被灭族也直接导致新疆及中亚部分完全***化。1771年，土尔